Zarządzanie i kontrola Głównymi organami regulującymi pracę ośrodka jest EPA i departament środowiska stanu Nowy Meksyk. Odbiorem cywilnych odpadów zarządza lokalna dyspozytura federalnego departamentu energii (DOE Carlsbad Field Office).
Bezpieczeństwo thumb|Transport odpadów do składowiska WIPP Transport odpadów do WIPP wiąże się każdorazowo z wdrożeniem ustaleń dotyczących procedur transportu i analizy składu odpadów między organem wysyłającym a EPA i NMED. Trasy transportu odpadów obu typów nie różnią się i są każdorazowo konsultowane z władzami stanowymi i plemionami amerykańskimi. Co do zasady pojazdy transportujące odpady poruszają się autostradami międzystanowymi, chyba że władze stanowe zdecydują inaczej. Transporty, składające się z konwencjonalnego ciągnika siodłowego i dedykowanej naczepy, są nadzorowane całodobowo, w tym poprzez geolokalizację satelitarną. Ciężarówki posiadają redundantny system łączności dwukierunkowej. W przypadku awarii ciężarówka może zostać zastąpiona nową w ciągu 8 godzin. Każdy transport przechodzi najsurowszą inspekcję przewidzianą amerykańskim prawem transportowym (Commercial Vehicle Safety Alliance Level VI), przeprowadzaną przez policję stanową. Transporty są też kontrolowane na wjeździe do danego stanu.