– marszałka Józefa Piłsudskiego – został następnie przeniesiony, bez prawa do należności za przesiedlenie, do Powiatowej Komendy Uzupełnień w Jarocinie, w której, z dniem 10 czerwca 1931 roku, objął stanowisko kierownika II referatu poborowego.
Dalsza służba w Wojsku Polskim Na stanowisku kierownika II referatu poborowego PKU Jarocin pozostawał do połowy 1935 roku. Pełniąc służbę w PKU Jarocin zajmował w roku 1932 – 320. lokatę na liście starszeństwa kapitanów piechoty. Na dzień 1 lipca 1933 r. była to już 307. lokata wśród kapitanów piechoty, a w dniu 5 czerwca 1935 roku kapitan Trojan zajmował 262. lokatę pośród wszystkich kapitanów korpusu piechoty.
Zarządzeniem Kierownika Ministerstwa Spraw Wojskowych gen. bryg. Tadeusza Kasprzyckiego opublikowanym w dniu 31 sierpnia 1935 r., kapitan Stanisław Trojan został przeniesiony, w korpusie oficerów piechoty, z PKU Jarocin na stanowisko komendanta Powiatowej Komendy Uzupełnień w Siedlcach, przemianowanej z dniem 17 marca 1939 r. na Komendę Rejonu Uzupełnień Siedlce (podległą Dowództwu Okręgu Korpusu Nr IX).
Na stopień majora awansowany został ze starszeństwem z dniem 19 marca 1937 roku i 10. lokatą w korpusie oficerów administracji. Na dzień 23 marca zajmował 11.