Do grudnia 1940 egzamin z otolaryngologii złożyło 180 studentów Wydziału Lekarskiego i 30 absolwentów Stomatologii. W 1943 Jan Szymański przekazał kierowanie Kliniką prof. Antoniemu Dobrzańskiemu, podczas powstania warszawskiego został drugi raz odznaczony Krzyżem Walecznych za ratowanie dobytku kliniki. W 1949 przedstawił pracę dotyczącą ukrwienia kosteczek słuchowych i uzyskał veniam legendi. W 1951 ze względów politycznych został odsunięty od pracy w klinice, w 1953 wyjechał do Bydgoszczy, gdzie zorganizował i przez cztery lata prowadził Klinikę Otolaryngologii w Instytucie Doskonalenia i Specjalizacji Kadr Lekarskich. Władze miasta nadały mu tytuł Honorowego Obywatela miasta Bydgoszczy. W 1957 powrócił do Warszawy i przejął po zmarłym prof. Henryku Lewenfiszu-Wojnarowskim kierowanie Kliniką Otolaryngologii, stał na jej czele do 1969, gdy ze względów zdrowotnych złożył rezygnację. Do 1973 pracował jako tzw. profesor „przy katedrze”. Pochowany w Warszawie na cmentarzu Powązkowskim (kw.146a-4-24).
Publikacje Statystyka nowotworów złośliwych i łagodnych kliniki otolaryngologicznej UW za okres od 1924 do 1938 r.