W tym samym czasie ukończono wystrój wnętrza według pierwotnego projektu Rubensa z 1622 roku. Dzwonnica pochodzi z 1928 roku.
W latach 2001–2004 w kościele wykonano zakrojone na szeroką skalę prace konserwatorskie, które objęły zwłaszcza dekoracje plastyczne.
Wystrój wnętrza thumb|left|240px|Wnętrze – widok prezbiterium Wnętrze jest trzynawowe. W środkowej partii obszernej nawy głównej znajduje się kopuła, wsparta na filarach. Nawy boczne przebudowano na obszerne kaplice (po 3 z każdej strony), zwieńczone niewielkimi kopułami; W XVI wieku dodano dwie kaplice, zamykające nawy boczne. Filary, kaplice i ambona zostały obłożone marmurem, który pokrywa perfekcyjna polichromia. Ponad belkowaniem biegnie złocony stiuk. Pod względem wyposażenia artystycznego - zwłaszcza obrazów – kościół Il Gesù należy do najważniejszych kościołów Genui. Ścianę wewnętrzną fasady, nawę główną, transept i prezbiterium pokrywa cykl fresków, zrealizowanych w drugiej połowie XVII wieku przez Giovanniego Battistę Carlone: Zwiastowanie, Chrystus Sędzia między Matką Bożą a św. Janem Chrzcicielem, Wniebowstąpienie, Wjazd Chrystusa do Jerozolimy, Podniesienie Krzyża, Koronacja Najświętszej Maryi Panny, Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny (na sklepieniu kopuły) oraz Czterej Ewangeliści (w pendentywach).