Historia Działalność harcerstwa na obszarze Chorągwi Bydgoskiej rozpoczęła się w 1911, kiedy powstała 1 Drużyna Skautowa w Chojnicach, założona przez Stefana Łukowicza. Jeszcze przed odzyskaniem przez Polskę niepodległości w 1918 działały drużyny w Strzelnie (założona w 1912), Nakle (1913), Inowrocławiu (1914), Pakości i Barcinie (1916), Janowcu i Mogilnie (1917). Pierwszy hufiec na tych terenach, pod nazwą „Rada Drużynowych” powstał w Inowrocławiu w 1919. W 1920 powołano w Bydgoszczy Komendę Okręgu Harcerstwa.
W okresie międzywojennym tereny obecnej Chorągwi Bydgoskiej należały do męskich i żeńskich chorągwi: Pomorskiej z siedzibą w Toruniu oraz Wielkopolskiej z siedzibą w Poznaniu. Pierwsza komenda chorągwi w Bydgoszczy powstała 11 kwietnia 1945.
Chorągiew Bydgoska ZHP otrzymała imię Mikołaja Kopernika na uroczystym posiedzeniu Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Toruniu 10 września 1966. Następnego dnia odbył się zlot, kończący kampanię programową „Mikołaj Kopernik”.