Laum opuścił Braniewo, przenosząc się na Uniwersytet w Marburgu, ostatnim kustoszem muzeum został nauczyciel greki i łaciny Josef Weinig (1888–1945)Weronika Wojnowska Braniewskie muzealia do 1945 roku, s. 27.Bertram Faensen Das Antik-Archäologische Kabinett am Lyceum Hosianum in Braunsberg (Braniewo) Berliner Beiträge zum Nachleben der Antike Heft 2-2000.
Muzeum istniało jednak nieprzerwanie aż do II wojny światowej. W 1945 budynki, w których przechowywano zbiory – Kamienny Dom i budynek po kasynie – zostały zniszczone podczas działań wojennych, a po wojnie rozebrane.
Sytuacja po II wojnie światowej Po wojnie zbiory uległy rozproszeniu, muzeum przestało istnieć. Część eksponatów zaginęła, część eksponatów sztuki sakralnej trafiła do kościołów w różnych miastach. Do dziś na wystawach w zamku w Lidzbarku Warmińskim (oddział Muzeum Warmii i Mazur) prezentowanych jest kilkanaście rzeźb oraz część kolekcji cyny z przedwojennych zbiorów Braniewa. Wiele z ocalałych zabytków przekazano do ówczesnego Muzeum Mazurskiego w Olsztynie, później znalazły się one w Dziale Sztuki Starożytnej Muzeum Narodowego w Warszawie (122 kamienne inskrypcje – 39 łacińskie i 84 greckie). Najstarszy rękopis w Muzeum Narodowym w Warszawie pochodzi ze zbiorów muzealnych Braniewa. Jest nim rękopis Nowego Testamentu z VIII wieku, zakupiony przez prof.