Drugą turę przeprowadzono 22 i 23 października 1996 w godzinach analogicznych do poprzedniej rundy głosowania. Frekwencja była niższa niż tydzień wcześniej – 30,63%; najwięcej osób zagłosowało w okręgu nr 20 – Praga 4 (40,94%), najmniej w okręgu nr 70 – Ostrawa-miasto (17,47%).

Zwycięzcą wyborów została ODS, która zdobyła łącznie 32 mandaty. Miejsca w Senacie uzyskały również wszystkie partie, których przedstawiciele znaleźli się w II turze: ČSSD – 25, KDU-ČSL – 13, ODA – 7, KSČM – 2 i DEU – 1, a także kandydat niezależny. Najlepszy procentowo wynik w ponownym głosowaniu – 72,91% – uzyskała Jitka Seitlová z KDU-ČSL (okręg nr 63 – Przerów). Spośród 77 senatorów wyłonionych w II turze 33 uzyskało najlepszy wynik także tydzień wcześniej, zaś 44 zajęło w I turze 2. pozycję.

Wyniki wyborów Źródło: Český statistický úřad.