Stan wód Spośród jezior poddawanych monitoringowi jakości około 1980 r. jedno lub dwa (w zależności od przyjętych kryteriów) spełniało kryteria I klasy czystości wód, a ponad połowa lub około 1/3 miały wody pozaklasowe. Najczystszymi spośród wówczas badanych jezior okazały się Gim, Bobięcińskie Wielkie i Miłoszewskie. O niskiej ocenie zwykle decydowały przekroczenia norm dla zawartości fosforanów, azotu organicznego lub miano coli typu kałowego.
Na początku drugiej dekady XXI wieku większość miała wody w umiarkowanym stanie ekologicznym i dobrym stanie chemicznym. Stan ogólny oceniono wówczas dla 728 jezior, z czego stan dobry osiągnęło 75. Ocena stanu ekologicznego jezior w całej Polsce jest dość zróżnicowana, podczas gdy stan chemiczny poniżej dobrego wykazano głównie w jeziorach zachodniej Polski. O ocenie stanu ekologicznego jezior jako gorszy niż dobry najczęściej decydował stan elementów biologicznych – fitoplanktonu i makrofitów, jak również mała przezroczystość. Wskazuje to na eutrofizację jako główną presję oddziałującą na wody jeziorne. Mimo to, w większości jezior nie stwierdzono przekroczenia substancji biogennych, tj.