Historia 27 maja 2009 roku złożono wniosek do ministerstwa spraw wewnętrznych o rejestrację partii; miesiąc później, w dniu 17 czerwca, Czeska Partia Piratów została zarejestrowana pod numerem MV-39553-7 / VS-2009.
28 czerwca 2009 roku w Průhonicach odbyło się konstytutywne forum partii, które wybrało władze i przyjęło założenia programowe. Pierwszym przewodniczącym Czeskiej Partii Piratów został Kamil Horký. Pod koniec października 2009 w Albrechticach nad Orlicą odbyło się pierwsze zebranie Zgromadzenia Ogólnego, na którym zostały zakończone prace nad statutem i wybrano nowe władze. Decyzją delegatów Ivan Bartoš został przewodniczącym partii.
W listopadzie 2024 roku nowym przewodniczącym partii został wybrany Zdeněk Hřib.
Wyniki wyborów Pierwszy raz partia wzięła udział w wyborach do Izby Poselskiej w maju 2010, w którym to ugrupowanie Ivana Bartoša otrzymało 0,8% głosów poparcia. W wyborach lokalnych do rady miasta Kladno, przeprowadzonych w dniach 18–19 marca 2011 roku, na Czeską Partię Piratów zagłosowało 0,75% wyborców. W wyborach w 2013 roku, mimo poprawy wyniku, partii nie udało się osiągnąć progu wyborczego.