W 1851 przeniósł się do Kolonii, gdzie wykładał kontrapunkt i fortepian w tamtejszym konserwatorium. Poza nauczaniem również koncertował, w Kolonii – wspólnie z Ferdinandem Hillerem, z którego rekomendacji został w 1854 dyrygentem Towarzystwa Koncertowego w Barmen. W 1859 przez 10 miesięcy kierował Akademią Śpiewaczą we Wrocławiu i uczył w tamtejszym Królewskim Akademickim Instytucie Muzyki KościelnejStrona Instytutu Muzykologii UWr. "O muzykologii we Wrocławiu" .
Od 1860 wykładał kompozycję w konserwatorium w Lipsku, a w 1897 został jego dyrektorem. Dzięki zaproszeniu do współpracy zdolnych wykładowców, podzielających jego konserwatywne poglądy, a także dzięki poprawie wyposażenia konserwatorium i jego programu nauczania, Reincke przekształcił tę uczelnię w jedną z najbardziej renomowanych w Europie. Wśród jego studentów byli tacy słynni muzycy, jak: Edvard Grieg, Hugo Riemann, Christian Sinding, Johan Svendsen, Arthur Sullivan, Felix Weingartner, Charles Villiers Stanford, Max Bruch, Mykoła Łysenko, Sveinbjörn Sveinbjörnsson, Leoš Janáček, Karl Muck, Julián Carrillo, Sigfrid Karg-Elert i inni. W Lipsku Reinecke był także dyrygentem Orkiestry Gewandhaus (1860–1895).