14 lutego 2021 RB Leipzig i Bayern Monachium ogłosiły porozumienie w sprawie transferu Upamecano, który podpisał pięcioletni kontrakt. W barwach Bayernu zadebiutował 13 sierpnia w meczu Bundesligi z Borussią Mönchengladbach (1:1). 17 grudnia w wygranym 4:0 meczu przeciwko VfL Wolfsburg zanotował premierowe trafienie dla monachijskiego klubu.
Kariera reprezentacyjna Reprezentował francuskie kadry do lat 16, 17, 18, 19 i 21.
W seniorskiej reprezentacji Francji zaliczył debiut 5 września 2020 roku w starciu ze Szwecją w ramach Ligi Narodów UEFA. Premierowego gola strzelił w swoim drugim spotkaniu w reprezentacji, w którym Francja pokonała Chorwację 4:2. W 2022 roku dostał powołanie na Mistrzostwa Świata w Katarze, gdzie wystąpił w 5 spotkaniach i z reprezentacją dotarł do finału, w którym ulegli Argentynie po rzutach karnych.