Do treningów pierwszej drużyny Hernández został włączony przez szkoleniowca Santiago Escobara, notując za jego kadencji kilka występów w krajowym pucharze (Copa Colombia). Dopiero trener Julio Comesaña uczynił go pełnoprawnym członkiem seniorskiego zespołu; w Categoría Primera A gracz zadebiutował 13 września 2008 w wygranym 1:0 spotkaniu z Millonarios. Premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił 21 czerwca 2009 w zremisowanej 2:2 konfrontacji z Deportivo Cali. W wiosennym sezonie Apertura 2009 zdobył z Junior tytuł wicemistrza Kolumbii, natomiast rok później – w sezonie Apertura 2010 – wywalczył mistrzostwo Kolumbii. Pełnił jednak głównie rolę rezerwowego w taktyce trenera Diego Umañi i podstawowym piłkarzem Junior został dopiero po przyjściu do klubu José Eugenio Hernándeza. Jako kluczowy piłkarz formacji ofensywnej, w jesiennym sezonie Finalización 2011 zdobył swoje drugie mistrzostwo Kolumbii.