Współpraca W 1991 roku John Baggott zadebiutował na rynku płytowym jako członek zespołu Innes Sibun Blues Explosion, który wydał album That’s What The Blues Can Do W 1993 roku uczestniczył jako pianista w nagraniu albumu Jimmy’ego Witherspoona The Blues, The Whole Blues And Nothing But The Blues
z Portishead 1997 – album Portishead (organista w „Only You” i „Elysium”) 1998 – album koncertowy Roseland NYC Live i DVD Roseland New York (klawiszowiec) 1998 – singel „Only You” (organista) 2008 – singiel „Magic Doors” (pianista, współkompozytor) 2008 – Third (pianista, współkompozytor utworu „Magic Doors”)
z Massive Attack 2004 – ścieżka dźwiękowa Danny The Dog (klawiszowiec) 2005 – ścieżka dźwiękowa Unleashed (klawiszowiec) 2010 – album Heligoland (klawiszowiec, kompozytor utworu „Atlas Air”)
z Robertem Plantem Na początku 2001 roku John Baggott został członkiem zespołu Strange Sensation Roberta Planta. 2002 – album Dreamland (współkompozytor, aranżer, klawiszowiec) 2002 – singiel „Morning Dew” (klawiszowiec, aranżer) 2002 – singiel „Last Time I Saw Her” (klawiszowiec, współkompozytor) 2005 – album Mighty Rearranger (Robert Plant And The Strange Sensation) (klawiszowiec, programowanie)