W wyniku reformy administracyjnej w latach 1565–1566 Bieniuny weszły w skład powiatu oszmiańskiego województwa wileńskiego Rzeczypospolitej. Po II rozbiorze Polski w 1793 roku miejscowość znalazła się na terenie powiatu oszmiańskiego (ujezdu) guberni wileńskiej. Po ustabilizowaniu się granicy polsko-radzieckiej w 1922 roku Bieniuny wróciły do Polski, należały do gminy Holszany w powiecie oszmiańskim województwa wileńskiego, od 1945 roku – w ZSRR, od 1991 roku – na terenie Republiki Białorusi.
Około 1865 roku wieś liczyła 89 dusz rewiz.. W 1905 roku wieś liczyła 171 mieszkańców, folwark 29 mieszkańców. Do wsi należało 145 dziesięcin, do folwarku 377 dziesięcinГошкевич И. И. Виленская губернія: Полный списокъ населенныхъ мѣстъ со статистическими данными о каждомъ поселеніи, составленный по оффиціальнымъ свѣдѣниямъ, Вильна, 1905, s. 225. W 1931 wieś w 27 domach zamieszkiwało 159 osób, majątek w 3 domach 44 osoby. W 2009 roku – 54.
W okolicy wsi zachowały się umocnienia z czasów I wojny światowej