Jego obrońcy, Gary Schweickart i Judy Stevenson, powołali się na obronę niepoczytalności, i został skierowany „do czasu odzyskania poczytalności” na leczenie.
Uwięzienie Milligan został skierowany do serii państwowych szpitali psychiatrycznych, takich jak , gdzie, jak twierdził, otrzymał bardzo mało pomocy. W czasie pobytu w tych szpitalach Milligan zgłosił istnienie dziesięciu różnych osobowości. Te dziesięć było jedynymi znanymi psychologom. Później twierdzono, że istniało dodatkowych 14 osobowości, nazwanych „Niepożądanymi”. Wśród pierwszej dziesiątki byli m.in. Arthur, prymitywny i odpowiedzialny Anglik, ekspert w naukach, medycynie i fizyce, oraz Allen, „jedyna osobowość, która paliła i mogła przebywać wśród ludzi”Keyes, s. 223–224..
Śmierć Milligan zmarł 12 grudnia 2014 roku w Columbus w Ohio w wieku 59 lat. Przyczyną zgonu była choroba nowotworowa.
W kulturze Historia Milligana była inspiracją dla kilku adaptacji i projektów, m.in.: