Podczas testów w 2009 okazało się jednak, że nowe pociągi mają zbyt dużą masę na trasę przez Przełęcz Św. Gotarda – ze względu na ostre zakręty musiałyby poruszać się z dużo mniejszą prędkością, przez co nie byłyby szybsze od innych pociągów bez technologii wychylnego nadwozia. Z tego powodu ETR 610 skierowano wyłącznie do tras przez Tunel Simploński oraz Lötschberg-Basistunnel, a na trasie przez Przełęcz św. Gotarda pozostawiono składy ETR 470.
Likwidacja i podział majątku 22 grudnia 2008 pociąg ETR 470 z Mediolanu w kierunku Bazylei uległ awarii w Tunelu Lötschberg. Ewakuowano ponad 200 pasażerów, ruch pociągów był wstrzymany przez kilka godzin. W lutym 2009 szwajcarski Federalny Urząd Transportu zagroził wstrzymaniem koncesji na przewozy pasażerskie dla Cisalpino, jeśli sytuacja bezpieczeństwa nie ulegnie poprawie.
We wrześniu 2009 zarządy SBB-CFF-FFS oraz Ferrovie dello Stato podjęły decyzję o likwidacji marki Cisalpino wraz z wejściem nowego rozkładu jazdy 13 grudnia 2009. Powodem miało być niewystarczające świadczenie usług przewozowych na trasie północ-południe ze Szwajcarii do Włoch. Od nowego rozkładu jazdy zadanie realizowania przewozów na tych trasach podzielono pomiędzy przewoźników państwowych Włoch i Szwajcarii.