Referendum niepodległościowe w Timorze Wschodnim odbyło się 30 sierpnia 1999 roku. Referendum zorganizowano na wniosek prezydenta Republiki Indonezji Jusufa Habibie. Mieszkańcy ówczesnej prowincji Timor Wschodni mieli zdecydować o ewentualnym nadaniu autonomii dla regionu, bądź separacji od Indonezji. Referendum zostało przeprowadzone pod auspicjami ONZ. thumb|Karta do głosowania Propozycja autonomii W maju 1999 roku władze indonezyjskie i portugalskie podpisały wspólny dokument określający ramy autonomii dla prowincji. Według założeń przedstawionych w dokumencie, Timor Wschodni miał pozostać częścią Indonezji jako Specjalny Region Autonomiczny Timoru Wschodniego (SARET). Region miał posiadać własną egzekutywę (w postaci gubernatora wybieranego przez organ legistlacyjny SARET), parlament, władzę sądowniczą oraz siły policji. Rząd Indonezji miał w dalszym ciągu sprawować kontrolę nad polityką zagraniczną i obronną, prawem dotyczącym zatrudnienia oraz nad sprawami fiskalnymiI. Martin, Self-determination in East Timor: The United Nations, the Ballot, and International Intervetion, Londyn 2001, str. 27..
Pytania referendalne Pytania referendalne brzmiały następująco:
1. Czy akceptujesz proponowany status specjalnej autonomii Timoru Wschodniego, pozostającego częścią unitarnej Republiki Indonezji?