Ostatecznie na miejscu świątyni zbudowana została kaplica dedykowana św. Mikołajowi. W roku 1613, podczas kopania dołu na fundamenty statuy świętego obok kaplicy, znaleziono wiele dużych bloków marmuru ze świątyni, a także filarów, gzymsów, kapiteli oraz rzeźbionych płyt, w tym inskrypcję Chrestiona. Wymieniona kaplica już nie istnieje, jedyną jej pozostałością jest statua św. Mikołaja, stojąca na miejscu świątyni.
Odnalezienie świątyni zostało zanotowane przez Giovanniego Abelę w jego książce z roku 1647 Della Descrizione di Malta Isola nel Mare Siciliano con le sue Antichità, ed Altre Notizie.
W następnych stuleciach większość pozostałości świątyni użytych zostało przy budowie nowych budynków. W latach 80. XVII wieku marmurowe bloki wykorzystano do wykonania z nich ozdobnej tarczy herbowej Gregorio Carafy ponad głównym wejściem do Auberge d'Italie w Valletcie. Fasada Castellanii, zbudowanej w późnych latach 50. XVIII wieku, również zawiera marmury zabrane z ruin świątyni Prozerpiny.
Świątynia była w XIX wieku bardzo często odwiedzanym miejscem przez prawie wszystkich archeologów na wyspach.