W 1985 roku rozpoczął współpracę z zespołem Freelectronic trębacza Tomasza Stańki, z którym występował na festiwalach w Grecji, Niemczech, Francji, Szwajcarii i na rodzimym Jazz Jamboree. Współpraca została zwieńczona nagraniem kilku płyt, m.in. Chameleon, Switzerland, Witkacy Peyotl, Tales For A Girl.
W roku 1990 rozpoczął współpracę z saksofonistą Zbigniewem Namysłowskim, z którym koncertował w Polsce i za granicą m.in. w Izraelu, Niemczech i Czechach. Z kwartetem Zbigniewa Namysłowskiego nagrał dwa krążki CD – Without A Talk i The Last Concert.
W 1997 roku zaczął współpracować z zespołem Walk Away perkusisty Krzysztofa Zawadzkiego. W zespole miał możliwość zagrania ze światowej klasy muzykami jazzowymi – Erickiem Marienthalem, Billem Evansem, Deanem Brownem, Randy Breckerem, Davidem Gilmorem. Również ten okres twórczości został przypieczętowany nagraniem płyt, m.in. Changes i Night Life.
W ostatnich latach wraz z Apostolisem Anthimosem założył zespół Anthimos Skowron United. mały|240x240px|Janusz Skowron i Apostolis Anthimos po koncercie w Bydgoszczy (2010)
Nagrywał również z Marylą Rodowicz, Hanną Banaszak, Łucją Prus, Majką Jeżowską, Ewą Bem, Grażyną Łobaszewską, Anną Serafińską, Grzegorzem Markowskim i rockową grupą Lady Pank.