Podczas wczesnej okupacji rzymskiej Melite miała, jak inne miasta na Sycylii, np. Messana (dziś Mesyna), czy Tauromenium (dziś Taormina), status foederata civitas. Jego mieszkańcy byli uważani za „sojuszników” (), nie zaś podbitych ludzi, więc zachowali swoje prawa i mogli wybijać własne monety. Chociaż wprowadzono język łaciński i rzymską religię, punicka kultura oraz język przetrwały na Malcie przynajmniej do I wieku n.e. W końcu Melite otrzymała status municypium, uzyskując takie same prawa, jak inne miasta rzymskie.
Jak mówią Dzieje Apostolskie, kiedy w roku 60 n.e. statek, na którym płynął do Rzymu Apostoł Paweł, rozbił się u brzegów wyspy zwanej Melite, ten ostatni przywitany został przez gubernatora Melite Publiusza i uzdrowił jego chorego ojca. Jak podaje tradycja, ludność Melite nawróciła się na chrześcijaństwo, a Publiusz przypuszczalnie został pierwszym biskupem Malty, a później biskupem Aten, zanim w roku 112 zmarł śmiercią męczeńską.