Jednowałowy i jednośrubowy układ napędowy pozwalał osiągnąć prędkość 15 węzłów na powierzchni i 25 węzłów w zanurzeniu (na chrapach 13 węzłów). Zasięg wynosił 12 000 Mm przy prędkości 8 węzłów na chrapach i 460 Mm przy prędkości 4 węzłów w zanurzeniu (lub 20 Mm przy prędkości maksymalnej). Zbiorniki mieściły maksymalnie 314 ton paliwa. Dopuszczalna głębokość zanurzenia wynosiła 270 metrów, a autonomiczność 30 dób.
„San Juan” wyposażony był w sześć dziobowych wyrzutni torped kalibru 533 mm, z łącznym zapasem 22 torped (lub 34 min). Jednostka mogła przenosić torpedy typu lub Mark 37. Na okręcie zainstalowany był automat ładowania torped, zdolny przeładować wyrzutnie w czasie 50 sekund . Wyposażenie radioelektroniczne obejmowało radar nawigacyjny Thomson-CSF Calypso IV, telefon podwodny, system kierowania ogniem (przelicznik torpedowy) H.S.A. Sinbads, sonar STN CSU-3/4, bierne urządzenie pomiaru odległości Thomson Sintra DUUX-5 oraz bojowy system przeciwdziałania elektronicznego (ECM) Sea Sentry III.