W VI wieku istniał dedykowany mu ołtarz w kaplicy Świętego Krzyża w Arles, którą zbudowała ksieni św. Rustykula z Arles (Marcia). Trzecim wczesnym miejscem jego kultu była Marsylia, przede wszystkim opactwo św. Wiktora, założone przez św. Jana Kasjana.
mały|Kaplica św. Poncjusza na skale w miejscu jego męczeńskiej śmierci (nieistniejąca), odbitka na papierze solnym z kalotypu, 1855 rok W roku 775, na polecenie Karola Wielkiego, dokonano odnowienia grobu świętego Poncjusza, a następnie zbudowano na tym miejscu bazylikę, w której ołtarz umieszczono bezpośrednio nad grobem. Wraz z kościołem wzniesiono klasztor benedyktyński. Jego pierwszym opatem został św. Sygariusz (Sacrius, fr. Siagre), biskup Nicei, bratanek króla. Według jednej z tradycji założycielami klasztoru byli mnisi z opactwa św. Wiktora, w związku z legendą, że głowa świętego potoczyła się do rzeki Paillon i popłynęła morzem do Marsylii, gdzie przechowali ją owi zakonnicy. Opactwo św. Poncjusza, obecnie leżące w granicach Nicei, odgrywało znaczną rolę w Hrabstwie Prowansji w następnych wiekach, a od 1388 roku w Hrabstwie Nicei. Było parokrotnie niszczone i odbudowywane. Obecnie budynki klasztoru są własnością miasta, jako część Szpitala Pasteura. Kościół należy do parafii św. Poncjusza, lecz od 1999 roku jest zamknięty z powodu złego stanu technicznego.