Nawy i oratorium zostały zbudowane w latach 1856–1861, nowa fasada, której budowniczym był Nicola Zammit, w latach 1884–1890, zaś dwie nowe dzwonnice w 1889 i 1892. Wnętrze kościoła zdobiono na przełomie XIX i XX wieku.
Część fasady kościoła i jego kopuła zostały zniszczone podczas II wojny światowej, kiedy 3–4 marca oraz 28 kwietnia 1942 kościół trafiony został przez bomby. Zginęło wtedy 16 osób. Wtedy to, na czas remontu zniszczonej świątyni, pobliski kościół Sarria został tymczasowym kościołem parafialnym. Otwarcie wyremontowanego kościoła św. Publiusza nastąpiło 10 grudnia 1944. Jego dalsza rekonstrukcja prowadzona była przez architekta Gustava Vincentiego i została ukończona w późnych latach 50. XX wieku. W następnych dekadach wnętrze kościoła było upiększane, co zakończono we wczesnych latach 90. XX wieku.
Kościół zaliczony jest do zabytków narodowych I klasy, jest również umieszczony na liście National Inventory of the Cultural Property of the Maltese Islands.
thumb|left|Freski na suficie nawy głównej
Architektura Fasada kościoła św. Publiusza zawiera neoklasycystyczny portyk, zwieńczony trókątnym frontonem, który ma dzwonnicę po każdej ze stron. Na szczycie fasady stoi statua Chrystusa Króla.