Po studiach podjął pracę na stanowisku asystenta pod kierunkiem profesora Leszka Kołakowskiego. Zajmował się tłumaczeniem twórczości Sørena Kierkegaarda i Dietricha Bonhoeffera. W ramach pracy na UW rozpoczął także badania nad dziejami reformacji. Po marcu 1968 roku został relegowany z Uniwersytetu Warszawskiego i przez następne dwa lata był bezrobotny. W 1970 roku wyjechał do Francji, gdzie uzyskał stypendium w École pratique des hautes études, uczęszczał także do paryskiego Instytutu Katolickiego. W latach 1971–1972 przebywał w Moguncji, gdzie otrzymał stypendium w Instytucie Historii Europejskiej, po powrocie do Francji pracował w Centre national de la recherche scientifique, a następnie w Centre d’études supérieures de la Renaissance przy Uniwersytecie w Tours.
W 1975 roku zamieszkał w Strasburgu, gdzie współpracował z Groupe de recherches sur les non-conformistes religieux des XVIe et XVIIe siècles et l’histoire des protestantismes oraz Wydziałem Teologii Protestanckiej Uniwersytetu Strasburskiego.
Miał żonę, Jadwigę z d. Duda (ur. 1945) oraz dwójkę dzieci – Charles’a Séguenny’ego (ur. 1975) i Gabrielę Séguenny-Helmbacher (ur. 1985). Zmarł w Strasburgu. 9 marca 2019 roku.