W 1974 Mokhele przewodził nieudanemu powstaniu przeciw władzy BNP prowadzonemu przez zbrojne skrzydło BCP – Armię Wyzwolenia Lesotho (LLA) i został zmuszony do emigracji do RPA. Stamtąd w dalszym ciągu przewodził opozycji względem Jonathana, współpracując z tamtejszym rządem, zaś LLA kontynuowało walkę zbrojną. Powrócił do kraju w 1989, już po wojskowym zamachu stanu, który odsunął Jonathana od władzy.
W 1993 Kongresowa Partia Basuto wygrała, pierwsze od lat 70., wolne wybory, zdobywając wszystkie 65 miejsc w parlamencie. 2 kwietnia Mokhehle objął urząd premiera kraju, zastępując przewodniczącego Rady Wojskowej Eliasa Ramaemę. Obowiązki pełnił do 17 sierpnia 1994, kiedy to król Letsie III i wojsko dokonało zamachu stanu. Obowiązki szefa rządu przejął Hae Phoofolo, jednak pod wpływem presji międzynarodowej Mokhehle powrócił na stanowisko premiera niecały miesiąc później 14 września. W 1997 wewnętrzna opozycja w partii usiłowała odsunąć go od władzy, doprowadził wówczas do rozłamu tworząc nowe ugrupowanie – Kongres Lesotho na rzecz Demokracji, do którego