Jest ona najprawdopodobniej fałszywa; błąd może wynikać z faktu, że na jednej z XVII-wiecznych map – często kopiowanej – oznaczono będące dziełem człowieka fosy.
Rzeźba terenu i sieć wodna thumb|Linia brzegowa mierzei Mierzeja Helska jest piaszczystym półwyspem.
Na obszarze tym nie ma powierzchniowej sieci hydrograficznej, nie licząc lokalnych podmokłości okresowych. Pod warstwą osadów znajduje się warstwa wodonośna.
Okresowo zachodnia część mierzei jest zalewana od strony otwartego morza przez spiętrzenia sztormowe (będące zjawiskiem naturalnym).
Klimat Mierzeja znajduje się w obszarze dużego oddziaływania Morza Bałtyckiego. Klimat cechują łagodna zima i niezbyt upalne lato. Charakterystyczną cechą występującego na mierzei klimatu morskiego są jesienie cieplejsze od wiosen. Okres wegetacyjny trwa ok. 200–210 dni.
Największe opady występują w miesiącach letnich. Mimo że są one niewielkie (około 600 mm rocznie), parowanie morza i zatoki sprawia, że wilgotność powietrza i gleby jest względnie duża. Znaczne parowanie powoduje, że przy bezwietrznej pogodzie często tworzą się mgły przyziemne.