Na wydmie szarej, oprócz roślin występujących na wydmie białej, pojawia się wiele zielenic, sinic oraz turzyca piaskowa, szczotlicha siwa, kocanki piaskowe. Zwiewanie obumierających roślin sprawia, że na wydmach tych tworzy się niewielka warstwa próchnicy.
Naturalną roślinnością centralnej części mierzei jest bór sosnowy. Sosna zwyczajna bardzo dobrze radzi sobie w trudnych warunkach. Sosna jest rośliną pionierską na wydmie szarej. W wyniku działalności wiatru sosny rosnące na wydmach są mocno zdeformowane, korony oraz pnie są niesymetryczne. W borach sosnowych rosną także jałowiec pospolity i wierzba piaskowa. W runie boru sosnowego występują wrzos zwyczajny, bażyna czarna oraz borówka brusznica.
Fauna Na terenie Mierzei Helskiej wiosną i jesienią jest dużo ptactwa wędrownego. W związku z tym między miejscowościami Chałupy i Kuźnica mieści się Terenowa Stacja Obrączkowania Ptaków Hel, działająca w ramach Akcji Bałtyckiej.
Ochrona przyrody Mierzeja jest zaliczana do obszarów zagrożenia ekologicznego.
Od 1978 roku cała mierzeja znajduje się na terenie Nadmorskiego Parku KrajobrazowegoUchwała Nr IX/49/78 Wojewódzkiej Rady Narodowej w Gdańsku z dnia 5 stycznia 1978 r. (Dz. U. WRN w Gdańsku z 1978 r. Nr 1 poz. 3).