Z tego okresu znaleziono ślady po prymitywnym przemyśle.
W XVII wieku na tym terenie znajdowało się 5 wsi. Wówczas tereny te znajdowały się w Polsce. W 1772 w wyniku pierwszego rozbioru część mierzei (od obecnego Władysławowa po Jastarnię) znalazła się w Prusach. Reszta, Hel oraz Bór (część Jastarni), pozostała w granicach Polski aż do drugiego rozbioru, a w latach 1807–1815 wchodziła w skład napoleońskiego Wolnego Miasta Gdańska.
W 1904 roku rozpoczął się rozwój turystyki we wsi Hel. W 1920 Mierzeja Helska ponownie znalazła się w Polsce. Krótka linia brzegowa oraz rozwój kolei sprawiły, że nastąpił szybki rozwój turystyki. W 1930 ze względu na strategiczne znaczenie mierzei wybudowano umocnienia na Helu. W tym samym czasie rozpoczęto budowę portu wojennego w Helu, który stał się główną bazą polskiej marynarki wojennej.
Od 1 września 1939 do 2 października 1939 trwała bitwa o Hel. W latach 1944–1945 mierzeja była intensywnie fortyfikowana przez armię niemiecką. W 1945 mierzeja ponownie znalazła się w Polsce, tym razem w województwie gdańskim.