Sukcesem w działalności Galerii okazało się Biennale Form Przestrzennych organizowane w latach 1965–1973 (inicjatywa otrzymała m.in. międzynarodowe wyróżnienia UNESCO oraz The Cultural Resources Comission). Po międzynarodowym sukcesie I Biennale Wojewódzki Konserwator Zabytków w Gdańsku przyznał środki finansowe na odbudowę kościoła, prace remontowo-konserwatorskie ukończono w 1970 r.
W 1974 r., po wyjeździe Gerarda Kwiatkowskiego do Niemiec, działalność Galerii EL załamała się. Jednak dotychczasowy dorobek i ranga na skalę kraju sprawiła, że władze miejskie nie zlikwidowały Galerii. Stan budynku spowodował, że w latach 1976–1982 działalność placówki została zawieszona na czas remontu.
Po ponownym otwarciu komisarzem Galerii został Ryszard Tomczyk. Galeria poza działalnością stricte wystawienniczą specjalizowała się w organizacji widowisk czasoprzestrzennych z elementami happeningowymi (m.in. Interdyscyplinarne Spotkania Twórcze, plener „What Now?”). W 1988 r. jako pierwsza w Polsce galeria zorganizowała spotkanie artystów zajmujących się sztuką komputerową (Międzynarodowe Warsztaty Komputerowe).
W 2010 r.