W okolicy znajduje się też kilka pozostałości punickich. W czerwcu 1992 roku, podczas rozbudowy cmentarza niedaleko kościoła, odkryto wycięty w skale grobowiec z tamtej epoki.
Historia Średniowieczna kaplica Czas powstania kaplicy nie jest znany. W XIX wieku historycy łączyli fundację kościoła z usunięciem Arabów, po zajęciu Malty przez Rogera I Sycylijskiego w roku 1091. Zdradzało to wcześniejsze oddawanie czci św. Katarzynie Aleksandryjskiej przez bizantyńsko-grecką społeczność żyjącą na Malcie przed arabską inwazją w IX wieku. Jednak współcześni historycy podważają tę tezę, twierdząc, że chrześcijaństwo zostało powtórnie wprowadzone na Maltę przez króla Rogera II w roku 1127, i później się tam umocniło.
Niektórzy historycy utrzymują, że korzenie starej parafii w Żejtun sięgają XII wieku, kiedy założony został dział muzyczny katedry w Mdinie, a oryginalna kaplica jest uważana za zbudowaną na terenie, będącym częścią przychodów katedralnego kantora – La prebenda di santa Caterina. Przez następne stulecia kościół był wspierany finansowo przez kolejnych kantorów katedralnych, czego dowodem są herby beneficjentów, znajdujące się na murze zakrystii;