Przed rokiem 1470 kościół stał się uznanym narodowym i międzynarodowym symbolem i sanktuarium, a marynarze powierzali siebie w opiekę i powiernictwo świętej: Boże, pomóż nam, i Ty, święta Katarzyno z Malty. Poświadczają to znajdujące się na zewnętrznych ścianach kościoła graffiti o tematyce marynistycznej, będące formą daru wotywnego. Święta Katarzyna była patronką żeglarzy i latarników. Inne graffiti przedstawiają Gwiazdę Dawida przebitą strzałą.
Przebudowa i powiększenie thumb|Nawa starego kościoła św. Katarzyny w Żejtun z prawdziwym czterodzielnym gotyckim sklepieniem żebrowym
Pierwotna kaplica pozostawała w użytkowaniu do roku 1492, kiedy to została przebudowana i powiększona. Uczczono to inskrypcją, która niestety zaginęła. Maltański historyk Gian Francesco Abela zanotował, jak kościół został przebudowany, cytując inskrypcję w swoich pismach. Ta sama inskrypcja została przytoczona przez A. Ferrisa w roku 1866 oraz E.B. Vellę w 1927. Chociaż w kopule znajduje się wyblakła i częściowo nieczytelna łacińska inskrypcja, brzmi ona inaczej od tych, przytoczonych w innych źródłach. Jeśli wierzyć tej późniejszej inskrypcji, kościół został powiększony w roku 1606, podczas episkopatu biskupa Gargallo, i służby archiprezbitera M. Burlo.