W istocie kościół był używany jako część systemu obronnego Zakonu Rycerzy św. Jana przeciw Turkom osmańskim. Nowy transept, prawie o ⅓ wyższy od nawy, zapewniał dobry widok pobliskich zatok. Wysoko wewnątrz murów transeptu umieszczony był korytarz z oknami wychodzącymi na dwa nowe, nisko położone forty – St. Thomas w Marsaskala oraz St. Lucian w Marsaxlokk. Stąd też stary kościół św. Katarzyny stał się pośrednim punktem sygnalizacji wojskowej, uprzedzając Mdinę, Three Cities i Vallettę o każdym pojawieniu się osmańskich okrętów wojennych, zbliżających się do pobliskich portów.
Najazd w roku 1614
thumb|Pamiątkowa tablica w starym kościele św. Katarzyny, opisująca najazd Turków w 1614 Świtem 6 lipca 1614 roku, siły tureckie w liczbie sześćdziesięciu okrętów (w tym 52 galer) pod dowództwem Halila Pashy próbowały wylądować w Marsaxlokk Bay, lecz zostały odrzucone przez artylerię nowo wybudowanego fortu San Lucian. Flota zakotwiczyła więc w St. Thomas Bay w Marsaskala i 5–6 tysięcy ludzi wyszło na brzeg bez przeszkód. Pewna liczba najeźdźców zaatakowała wieżę św. Lucjana, gdy pozostali splądrowali miasteczko Żejtun, opuszczone przez mieszkańców na wieść o ataku. Turcy spalili gospodarstwa oraz zboże na polach, uszkodzili też stary kościół św. Katarzyny.