Podstawowe założenia formatu konkursu nie zmieniły się do dziś.

Od 1996 roku zawody były organizowane co dwa lata i towarzyszyły kongresom Międzynarodowej Unii Geograficznej. Druga edycja IGC odbyła się w 1998 roku w Lizbonie, natomiast w 2000 roku zawody zostały zorganizowane w Seulu i po raz pierwszy wzięli w nich udział reprezentanci spoza Europy. Czwarta olimpiada w 2002 roku miała miejsce w Durbanie. W 2004 roku iGeo odbyła się w Gdyni, a szefem komitetu organizacyjnego był dyrektor III Liceum Ogólnokształcącego im. Marynarki Wojennej – Wiesław Kosakowski. Podczas piątej olimpiady po raz pierwszy najlepszym uczestnikom przyznano medale złote, srebrne i brązowe. System medalowy funkcjonuje do dziś. Podczas szóstej olimpiady w Brisbane po raz pierwszy po zakończeniu zawodów odbyły się fakultatywne wycieczki, w których mogli wziąć udział uczestnicy olimpiady. Od tamtej pory zawodnicy mogą corocznie brać udział w takich wycieczkach w ramach tzw. post-iGeo. W kolejnych latach olimpiada odbywała się w Kartaginie i Tajpej.