Karierę trenera rozpoczął w barcelońskim Espanyolu początkowo jako trener młodzieży i skaut. W latach 2006–2007 prowadził, grającą w Tercera División, Gironę. Powrócił do Espanyolu, gdzie najpierw był drugim trenerem w drużynie rezerw, a od 2009 asystentem Mauricio Pochettino w pierwszej drużynie klubu z Barcelony. Pracował w węgierskim Videotonie najpierw jako asystent Paulo Sousy i José Manuela Gomesa (2011–2014), a w latach 2014–2015 jako pierwszy trener. Z klubem z Székesfehérváru zdobył w sezonie 2014/2015 Mistrzostwo Węgier. Mimo to, po zakończeniu sezonu opuścił Węgry, nie zgadzając się z polityką transferową Videotonu. Jesienią 2015 przez dwa miesiące prowadził, występujący w hiszpańskiej Primera División, klub UD Almería, z którego został zwolniony po 11 meczach bez zwycięstwa, zaś w latach 2016–2017 chorwacki Hajduk Split, z którym zdobył trzecie miejsce w lidze.
W grudniu 2017 podpisał kontrakt z Wisłą Kraków, ważny od stycznia 2018 do czerwca 2019. Do krakowskiego klubu był już przymierzany rok wcześniej, jednak zdecydował się wówczas na ofertę ze Splitu. W pierwszym ligowym meczu pod jego wodzą Wisła zremisowała 1:1 z Lechią Gdańsk, po golu Carlitosa. Prowadził klub w 16 spotkaniach ligowych kończąc rozgrywki Ekstraklasy na 6 miejscu.