Tematyka Święty Franciszek z Asyżu przedstawiony został w momencie otrzymywania stygmatów. Wydarzenie to, zgdonie z pierwszymi biografiami Biedaczyny, miało miejsce 14 lub 15 września 1224 na La Vernie w Toskanii. Święty, przebywając w odosobnieniu na modlitwie, miał wizję serafina trzymającego ukrzyżowaną nagą postać mężczyzny. Od tego momentu na jego ciele odradzały się znaki Męki Pańskiej, tzn. stygmaty, które starał się ukrywać aż do swej śmierci w 1226. Stygmatyzacja św. Franciszka stała się fenomenem nieodłącznie związanym z duchowością ruchu franciszkańskiego, stąd coraz częstsze przedstawianie jej na obrazach religijnych w środowisku minoryckim w następnych wiekach (klasztory franciszkańskie i klariańskie, kościoły tercjarzy).
Artysta na pierwszym planie przedstawił św. Franciszka klęczącego z uniesionymi w górę rękami jak u oranta. Modlący się ma na sobie franciszkański ciemny habit z kapturem, przepasany białym sznurem z trzema węzłami. Na głowie Franciszka widnieje tonsura mnisza. Święty ma aureolę. Malarz już zaznaczył na bosych stopach i uniesionych w modlitewnym geście dłoniach rany stygmatów. Franciszek wpatruje się w serafina. Niejako na drugim planie, w prawym narożniku unosi się serafin z ukrzyżowanym. Od ran mistycznej postaci spływają w kierunku ran na ciele świętego złote promienie.