Kościół świętej Agaty (, ) – niewielki rzymskokatolicki kościół, położony w mieście Mdina na Malcie. W niektórych źródłach określany jako kaplica.
Historia Niewiele jest informacji o najstarszej kaplicy, która stała na tym miejscu. Jednak informacje o późniejszych istnieją w różnych dokumentach wizyt duszpasterskich i aktach notarialnych. Pierwszy dokument wzmiankujący o tej świątyni pochodzi z 10 sierpnia 1414 i określa ją jako „Sancta Agatha de Civitate, ecclesia”. W Rollo Senatore de Mello z 1436 określana jest jako „Animagium Santa Agata” w Mdinie. Animagium to jako jedyne w Mdinie posiadało także „ientaculum”, oznaczające obowiązek rozdawania kapłanom pożywienia po odprawieniu nieszporów w dniu świątecznym. Jak wynika z akt wizyty pasterskiej prałata Pietro Dusiny w 1575, odbywało się to w samej kaplicy, gdyż nie było innego miejsca.