Ponieważ w kaplicy było ciemno, nakazał zrobić okrągłe okno w drzwiach i zaopatrzyć wnętrze w lampy.
Do roku 1594, czasu wizyty biskupa Gargallo, zakupiono do kaplicy dwa drewniane świeczniki, wykonano także dzwonnicę na dachu kościoła.
Kaplica była pod świeckim patronatem rodziny Gatto do 1661, kiedy to przekazana została Kościołowi.
Budynek świątyni został mocno uszkodzony przez trzęsienie ziemi w 1693, które zniszczyło większość Mdiny, w tym średniowieczną katedrę.
Nowy kościół został wybudowany rok później, autorem projektu był renomowany architekt Lorenzo Gafà, który również zaprojektował nową katedrę. Kościół został poświęcony 26 czerwca 1695 przez archidiakona Antonio Cauchiego, w obecności biskupa Davide Cocco Palmieri oraz wielkiego mistrza Adriena de Wignacourt. Następnego dnia ten sam archidiakon poświęcił nowy obraz św. Agaty, dzieło malarza Giuseppe D’Areny. Na obrazie widać także św. Adriana Męczennika. Święty Adrian został umieszczony na obrazie jako święty patron dziekana katedry Adriano Bonniciego (lub Bonvicino), który pokrył koszty odbudowy kościoła.
230px|thumb|left|Apsyda z ołtarzem W czasie II wojny światowej kościół był schronieniem dla dwóch rodzin.