FreeBSD korzysta z opartego na źródłach systemu pakietowania znanego jako porty. Szkielet tego rozwiązania opiera się na plikach automatyzujących Makefile dla BSD make. Repozytorium portów zawiera ok. 33 tysiące programów przystosowanych do działania we FreeBSD. Na bazie portów udostępniane są prekompilowane pakiety binarne z domyślnymi opcjami dla aktualnie obsługiwanych wersji i architektur sprzętowych FreeBSD, którym projekt zapewnia wsparcie na poziomie tier1. Zalety portów przyczyniły się do tego, że stały się bazą lub zainspirowały rozwój zbliżonych rozwiązań wykorzystywanych w pokrewnych systemach OpenBSD, NetBSD (pkgsrc) oraz kilku dystrybucji Linuksa.
Zastosowania Ze względu na swą wydajność i niezawodność często stosowany jako serwer internetowy lub zapora sieciowa. FreeBSD używany jest m.in. przez Apache.org, Netflix, FlightAware, Yahoo!, Yandex, Netcraft, Sony Playstation 4, WhatsApp.
Na FreeBSD działa wiele aplikacji znanych z dystrybucji linuksowych – m.in. Open Office, Lumina, KDE. System jest użyteczny w zadaniach biurowych i multimedialnych.