Z zamku w Inowrocławiu król Władysław Jagiełło prowadził „Wielką Wojnę” z Zakonem Krzyżackim w 1410 roku.

W latach 1466–1772 Inowrocław był stolicą województwa inowrocławskiego obejmującego swym zasięgiem północno-zachodnią część Kujaw z miastami: Bydgoszcz, Solec Kujawski, Koronowo, Gniewkowo, Podgórz, Słońsko, Raciążek, Służewo, Lipno, Dobrzyń i Radziejów.

Inowrocław został bardzo poważnie zniszczony podczas Potopu szwedzkiego. Miasto zostało zajęte przez wojska szwedzkie jesienią 1655 roku. Pod koniec XVI wieku w mieście było prawie 250 domów, a po wycofaniu się Szwedów, w roku 1659 naliczono tylko 23 domy miejskie. Po Potopie liczba ludności spadła do 500 osób, a straty demograficzne miasto odrobiło dopiero na początku XIX wieku. Kolejne zniszczenia spowodowała III wojna północna na początku XVIII wieku.

Okres zaborów mały|lewo|Inowrocław (widok na rynek z nieistniejącą już wieżą ratuszową) na litografii Napoleona Ordy, 1880 Na mocy postanowień Kongresu Wiedeńskiego Inowrocław znalazł się w regencji bydgoskiej Wielkiego Księstwa Poznańskiego. W 1817 r. stał się siedzibą władz powiatowych. W połowie XIX w. miasto zaczęło się ponownie rozwijać.