W 1922 roku biskup Stanisław Zdzitowiecki powołał go na stanowisko organisty we włocławskiej katedrze. Grał też m.in. w Kościele św. Jana i nieistniejącej już Kaplicy Najświętszego Zbawiciela. Bojakowski był też dyrygentem chóru Włocławskiego Towarzystwa Wioślarskiego oraz Chórów Rzemieślniczych „Lutnia” i „Spójnia”. Jako dyrygent osiągał wiele sukcesów w konkursach.
W 1927 roku Bojakowski przeprowadził się do Wilna, gdzie pozostawał do 1945 roku. Uczył tam w szkołach: Gimnazjum im. Mickiewicza, Gimnazjum im. Słowackiego, Gimnazjum im. Lelewela i Państwowej Szkole Technicznej. Został też dyrygentem chóru w Ostrej Bramie.
thumb|240px|Grób rodziny Bojakowskich na włocławskim cmentarzu komunalnym Po zakończeniu II wojny światowej powrócił do Włocławka. Ponownie rozpoczął pracę jako nauczyciel, tym razem w Liceum Pedagogicznym, Technikum Przemysłowo-Pedagogicznym, Szkole Mechanicznej, Państwowym Liceum dla Pracujących, Liceum im. Marii Konopnickiej, Liceum Handlowym, Państwowej Szkole Muzycznej oraz Ognisku Muzycznym. Ponownie zajął się też prowadzeniem lokalnych chórów.
Angażował się w działalność Pomorskiego Związku Śpiewaczego. Był też członkiem sekcji kompozytorów muzyki poważnej Stowarzyszenia Autorów ZAiKS.
Zmarł 25 września 1960 roku we Włocławku. Został pochowany na miejscowym cmentarzu komunalnym, w kw.