W sezonie 2015 zdobył z Atlético wicemistrzostwo Brazylii; został wówczas uznany w oficjalnym plebiscycie najlepszym obcokrajowcem sezonu. W 2016 roku zajął drugie miejsce w Campeonato Mineiro i dotarł do finału pucharu Brazylii – Copa do Brasil. Ogółem barwy Atlético reprezentował przez ponad dwa lata, będąc czołowym graczem ligi brazylijskiej; w tamtym okresie zaczął otrzymywać pierwsze powołania do kadry narodowej.
W lutym 2017 Pratto w ramach wiązanej, wielopoziomowej transakcji przeszedł do ekipy São Paulo FC. Klub wyłożył na jego transfer łącznie 12 milionów dolarów (w dwóch ratach – początkowo sześć milionów za 50% praw do karty zawodniczej, ponadto w ramach umowy między poprzednimi zespołami 1/5 kwoty transferu otrzymał Vélez Sarsfield). Jako podstawowy piłkarz i najlepszy strzelec występował w São Paulo przez niecały rok, nie odnosząc jednak większych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. W styczniu 2018 powrócił do ojczyzny, zostając graczem CA River Plate.