Tym razem byli to głównie marrani wywodzący się z Portugalii; po powstaniu unii personalnej między Portugalią a Hiszpanią tamtejsi chrześcijanie żydowskiego pochodzenia masowo zaczęli wyjeżdżać do Hiszpanii, mając nadzieję, że hiszpańska inkwizycja nie będzie ich prześladować tak, jak rodzime, portugalskie trybunały. Nadzieje te okazały się jednak płonne – imigranci z Portugalii byli głównym celem większości trybunałów hiszpańskiej inkwizycji (w tym kordobańskiego) przez następne 150 lat. Ostatnia fala procesów przeciw marranom w Kordobie miała miejsce w latach 1721–1724.
Inkwizycja hiszpańska została po raz pierwszy zniesiona w czasie okupacji Hiszpanii przez wojska Napoleona Bonaparte. Brat Napoleona, Józef Bonaparte, został królem Hiszpanii i 4 grudnia 1808 wydał dekret o zniesieniu inkwizycji w całym kraju. Wykonanie tego dekretu w większości przypadków wiązało się także z akcją niszczenia dokumentów archiwalnych trybunałów. Również w Kordobie komisarze pronapoleońskiego rządu w lutym 1810 dokonali spalenia większości dokumentacji z miejscowego archiwum inkwizycji. Po wygnaniu Francuzów z Hiszpanii król Ferdynand VII Burbon wznowił działalność inkwizycji i jej lokalnych trybunałów. Trwało to jednak krótko.