Pod koniec lat 90. kierował Radą Demokratycznych Przemian w Serbii działając na rzecz odsunięcia od władzy Slobodana Miloševicia. W 2001 objął stanowisko ambasadora Serbii w Grecji, które sprawował do 2005. Po zakończeniu misji dyplomatycznej został doradcą prezydenta Borisa Tadicia, a następnie ambasadorem Serbii w Kanadzie i we Francji (2009-2012). W latach 2009–2011 kierował delegacją serbską do Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości w sprawie dotyczącej statusu Kosowa. Po zakończeniu misji dyplomatycznej powrócił do Instytutu Studiów Bałkanistycznych obejmując ponownie w 2013 stanowisko jego dyrektora.
Badania naukowe Batakovicia koncentrowały się na XIX i XX wiecznej historii Bałkanów, a szczególnie na stosunkach albańsko-serbskich, kwestii Kosowa i wpływie komunizmu na współczesną historię państw bałkańskich. Od 2010 był członkiem Serbskiej Akademii Nauk i Sztuk.
Od 2004 prowadził w telewizji serbskiej RTS program Czerwona Epoka (Crveno doba), podejmujący kwestię zbrodni komunistycznych w Jugosławii.