Malta – okres drugi 29 września 1771 Favray powrócił na Maltę. Był już w podeszłym wieku, jako artysta cieszył się zasłużonym uznaniem w politycznych kręgach Zakonu. Odnowił też znajomość z wpływową rodziną L’Hoste (Lott) oraz innymi znamienitymi członkami Zakonu. W 1779 wielki mistrz Emmanuel de Rohan zlecił artyście odrestaurowanie obrazów i fresków w prywatnej kaplicy w pałacu Wielkiego Mistrza, a także w apartamentach Giardino della Marina, letniej rezydencji wielkiego mistrza. Favray pozostał aktywny artystycznie do końca swojego długiego życia. Jego Autoportret jako starzec w Valletta Museum of Fine Arts przedstawia go w podeszłym wieku.
Ostatnie lata życia Antoine’a Favraya z pewnością nie upłynęły na wygodnej emeryturze. Zajmował się posługą chorym w Sacra Infermeria. W styczniu 1793 objął stanowisko Armoniere (jałmużnika), na które został ponownie wybrany w lutym 1795, a po raz trzeci w styczniu 1797. Do jego obowiązków należała m.in. opieka nad srebrnymi naczyniami należącymi do szpitala, a także nadzór nad dystrybucją drogich produktów spożywczych, takich jak rodzynki, suszone śliwki czy migdały.