W 1941 zaocznie ukończył Akademię Wojskową im. Frunzego i w końcu lipca 1941 został dowódcą pułku w Aktiubińsku, od sierpnia 1941 walczył w wojnie z Niemcami na Froncie Zachodnim, w listopadzie 1941 został ranny w walkach pod Małojarosławcem.
W grudniu 1941 objął dowództwo 329 Dywizji Piechoty 5 Armii/33 Armii Frontu Zachodniego w stopniu pułkownika, uczestniczył w bitwie pod Moskwą, w marcu 1942 wraz z dywizją został okrążony przez Niemców (dywizja poniosła wielkie straty), po czym 6 kwietnia 1942 skazany przez trybunał wojenny Frontu Zachodniego na rozstrzelanie i pozbawienia stopnia wojskowego; 4 maja 1942 wyrok zamieniono na 10 lat łagru z odroczeniem wykonania wyroku do końca wojny i degradację do stopnia majora. Potem został dowódcą 115 Brygady Piechoty w 16 Armii Frontu Zachodniego, w sierpniu 1942 skierowany z nią na Front Stalingradzki, za wycofanie się bez rozkazu 3 listopada 1942 został oddany pod sąd wojenny, jednak decyzję tę cofnięto, mimo to Andrusienko został zdegradowany na stanowisko dowódcy 716 pułku piechoty. Brał udział w bitwie pod Stalingradem, później walczył na Froncie Briańskim, Centralnym i Białoruskim, uczestniczył w bitwie pod Kurskiem, operacji czernihowsko-prypeckiej, bitwie o Dniepr i operacji homelsko-rzeczyckiej, był trzykrotnie ranny i kontuzjowany. Przywrócono mu stopień wojskowy.