W styczniu 1945 roku został odznaczony Krzyżem Żelaznym II klasy.
W ostatnim okresie wojny dostał się do brytyjskiej niewoli, z której udało mu się jednak zbiec. Pod nazwiskiem Heinz Brenner pracował przez pewien czas w sudeckoniemieckiej firmie. Później przeniósł się do Styrii, gdzie zdobył dokumenty na fałszywe nazwisko Kurt Vahle. Następnie udał się do Hamburga, gdzie zamieszkał ze swą nową partnerką życiową, Eriką Schröder, która podobnie jak on należała wcześniej do personelu akcji T4. Pracował jako portier hotelowy. Zerwał całkowicie kontakty ze swoją dawną rodziną, która w 1945 roku wystąpiła o uznanie go za zmarłego.
5 czerwca 1961 roku został aresztowany przez zachodnioniemiecką policję. Był głównym oskarżonym w procesie załogi Sobiboru, który toczył się w Hagen w latach 1965–1966. Akt oskarżenia przeciwko niemu i jedenastu innym esesmanom został wniesiony w czerwcu 1964 roku. Postawiono mu zarzut zamordowania 360 osób i współudziału w masowym mordzie na 86 tys. osób.