Eksponaty Eksponaty muzeum zawierają darowizny wykonane dla muzeum przez osoby indywidualne, przedmioty i obrazy, poprzednio znajdujące się w sanktuarium, oraz przedmioty zakupione na aukcjach. Wybrane eksponaty w muzeum to: thumb|Mahoniowa boazeria ze statku „Alcantara” 85 obrazów ex-voto, z których 74 związanych jest z morzem. Kolekcja ta gromadzi największą liczbę ex-voto na Malcie, przekazanych przez rycerzy Zakonu św. Jana; Dwie lektyki, jedna używana przez Wielkich Mistrzów Rafaela oraz Nicolasa Cotonera, druga zaś przez Wielkiego Mistrza Ferdynanda Hompescha, który podarował ją sanktuarium. Hompesch podarował również dwa obrazy, maltański zegar wystawiany w muzeum oraz kompletną rycerską zbroję ceremonialną, ozdobioną techniką „aqua fortis”; Współczesny obraz przedstawiający karakę „Santa Anna”, oraz, pochodzący ze szkoły morskiej, model okrętu liniowego „San Gioacchino” z roku 1767; Średniowieczny fresk Matki Bożej Łaskawej odkryty w kaplicy św.