Działalność w czasie wojny Po wkroczeniu wojsk radzieckich na teren wschodniej Rzeczypospolitej, Józef Opacki natychmiast zaczął formować podziemne struktury harcerskie tworząc z nich podziemną organizację partyzancką o nazwie Polska Organizacja Walki z Wrogiem, rok później połączoną z Szarymi Szeregami. Na rocznicę powstania styczniowego została zaplanowana akcja przeciwko okupantowi. Przygotowania odbywały się poza wiedzą Józefa Opackiego. W nocy 21/22 stycznia 1940 roku doszło do wybuchu zrywu wyzwoleńczego przeciwko Sowietom, tzw. powstania czortkowskiego. Akcja zakończyła się niepowodzeniemSzymański Krzysztof, Powstanie czortkowskie, Kurier Galicyjski 5(153), 16–29 marca 2012..
Pod koniec listopada 1940 roku, pod redakcją Opackiego ukazał się pierwszy numer konspiracyjnego czasopisma „Ogniwo”.
W latach 1939–1945 tworzył kartotekę zbrodni przeprowadzonych przez organizacje ukraińskie w Małopolsce Wschodniej, ze szczególnym uwzględnieniem powiatu czortkowskiego. Notatki wykonywane były ręcznie na różnego rodzaju papierze, który był w danym momencie dostępny. Każda zawierała datę, opis zdarzenia, narodowość ofiar, miejsce, z wyszczególnieniem na powiat i miejscowość oraz w niektórych przypadkach województwo.