W 1800 rząd pruski przeniósł zakonników do Warszawy, a ich siedzibę zajęła nowo utworzona diecezja wigierska, a kościół był katedrą. Dobudowano wtedy chór muzyczny. W 1818 diecezję przeniesiono do Sejn, a kościół pełnił funkcję świątyni parafialnej. W 1825 zdjęto porwaną przez wiatr blachę, a dach pokryto dachówką. W 1835 przewieziono do Suwałk marmurowe balustrady, a w okresie późniejszym dwie duże figury św. Rocha i Benedykta, które do dzisiaj stoją przed kościołem św. Aleksandra w Suwałkach. W XIX w. kilkakrotnie restaurowano świątynię. Podczas I wojny światowej kościół poważnie ucierpiał. Zniszczeniu uległy wieże, dach i ściana wschodnia. Odbudowę rozpoczęto dopiero w 1922, a pierwsze nabożeństwo odprawiono w 1933. W 1944 znów poważnie uszkodzony i odbudowywany do 1966. W 1981 wymalowano kościół w kolorze różu, kremowym i kości słoniowej. W 1986 położono w nawie i prezbiterium posadzkę marmurową. Dawny marmur zachowano w kaplicach. W dniu 9 czerwca 1999 świątynię nawiedził Jan Paweł II podczas VII pielgrzymki do Polski.