Wewnątrz nawa główna przesklepiona kolebką na gurtach z lunetami. Nawa ma trzy przęsła rozdzielone pojedynczymi pilastrami. Po obu jej stronach znajdują się trzy pary przeciwległych kaplic otwierających się prostokątnymi arkadami. Bogate wnętrze kościoła wypełnia siedem ołtarzy w stylu rokokowym. Wszystkie mają nowe obrazy, gdyż dawne uległy zniszczeniu i rozproszeniu. Ołtarz główny wykonany w drewnie w latach 1720-40, który uległ zniszczeniu podczas pierwszej wojny światowej, zrekonstruowano w 1962 przy użyciu oryginalnych fragmentów. Ażurowa rzeźba ołtarza przedstawia swoim kształtem i ornamentyką wielką literę M podkreślając u Kamedułów szczególny kult Matki Bożej. W centrum ołtarza współczesny obraz Niepokalanego Poczęcia NMP autorstwa Wiktora Winikajtisa, przewodnika z Wigier oraz po bokach XVIII-wieczne figury św. Romualda i św. Benedykta.
oraz sześć ołtarzy znajdujących się w kaplicach. Są to od strony południowej: Kaplica św. Romualda z ołtarzem wykonanym w barwnej okładzinie majolikowej i ścianami ze stuku;